Independiente Medellín fue uno de los cuatro conjuntos que accedieron a la fase de grupos tras superar las fases preliminares: los otros tres fueron Deportes Tolima, también de Colombia; Sporting Cristal, de Perú; y Barcelona Sporting Club, de Ecuador. Los cuatro integrarán el bombo 4, del que también formarán parte de dos los seis representantes argentinos: Platense e Independiente Rivadavia.
En cuanto al destino de los otros cuatro elencos argentinos, Boca formará parte del bombo 1, Estudiantes de La Plata y Lanús integrarán el bombo 2, mientras que Rosario Central se ubicará en el bombo 3. A ellos podría haberse sumado Argentinos Juniors, pero el equipo de La Paternal fue eliminado en la segunda fase preliminar por Barcelona de Ecuador.
Para definir la composición de los bombos, la Confederación Sudamericana de Fútbol (Conmebol) se basó en su ranking de clubes al 15 de diciembre de 2025. Más allá de ello, el campeón de la pasada edición de la Copa Libertadores, Flamengo, tenía asegurada su ubicación en el bombo 1 y como cabeza de serie del grupo A, mientras que Lanús, como ganador de la Copa Sudamericana, tenía garantizado su lugar en el bombo 2.
El reglamento de la Copa Libertadores establece que en un mismo grupo no podrá haber dos equipos de un mismo país y que si así resultan sorteados, el conjunto del bombo inferior pasará a ocupar el siguiente grupo y se sorteará nuevamente otro equipo para dicha zona. Solo se admitirán dos conjuntos de una misma nación en un grupo si uno de ellos proviene de las fases preliminares.