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En mitad de la noche de aquél 27 de julio de 1822, el General abandonó Guayaquil embarcándose hacia Perú. Tras una charla de contenido secreto con Bolívar, San Martín decidió dejar al victorioso ejército de los Andes y la lucha por la libertad americana en sus manos.
Por una carta descubierta en 2013 en el Archivo Nacional del Ecuador, conocemos la versión que hizo circular Bolívar al respecto. La misma fue escrita por su secretario, José Gabriel Pérez, y dirigida a Sucre. Allí leemos los supuestos motivos por los que el argentino se retiró: "El Protector (San Martín estaba a cargo del Protectorado del Perú) se quejó mucho del mando y sobre todo de sus compañeros de armas que últimamente lo habían abandonado en Lima. Aseguró que iba a retirarse a Mendoza; que había dejado un pliego anexo para que lo presentasen al Congreso renunciando el Protectorado y que también renunciaría la reelección que contaba se haría en él; que luego que ganara la primer victoria se retiraría del mando militar sin esperar a ver el término de la guerra; pero añadió que antes de retirarse pensaba dejar bien puestas las bases del Gobierno".
Tomás Guido, íntimo del Libertador y presente en Perú, dijo que aquella versión fue una máscara. San Martín le confesó entonces: "Lo diré a usted sin doblez: Bolívar y yo no cabemos en el Perú (… ). Él no excusará medios, por audaces que fuesen, para penetrar a esta República seguido de sus tropas, y quizá entonces no me sería dado evitar un conflicto a que la fatalidad pudiera llevarnos, dando así al mundo un humillante escándalo. Los despojos del triunfo, de cualquier lado que se inclinase la fortuna, los recogerían los maturrangos, nuestros implacables enemigos, y apareceríamos convertidos en instrumentos de pasiones mezquinas. No seré yo, mi amigo, quien deje ese legado a mi patria (… ) puede el general Bolívar aprovechar de mi ausencia: si lograse afianzar en el Perú lo que hemos ganado, y algo más, me daré por satisfecho; su victoria sería, de cualquier modo, victoria americana".
Las palabras de Guido toman fuerza analizando la correspondencia entre ambos durante las siguientes décadas. El porteño señaló que la ambición desmedida de Bolívar, como su personalidad maltratadora hartó a todos, y que inmediatamente el contraste con su figura pareció a todo abismal.
De hecho, con la partida de San Martín reinó la anarquía. Jerónimo Espejo, uno de sus granaderos, describió el momento como "la época calamitosa para las tropas auxiliares argentinas y chilenas que empezó con la ausencia de nuestro General y gravitando por dieciocho meses sin interrupción". Especificó posteriormente: "nos encontrábamos en la opulenta capital de Lima como en un desierto, rodeados de toda clase de privaciones y miserias, desnudos, así oficiales como soldados; sin auxilio de ningún género, pereciendo de hambre; circunstancias todas que produjeron la alteración de la disciplina y la moral; era consiguiente que la tropa cometiera desórdenes".
Hacia 1830 San Martín le aseguró a Guido: "Cuando deje de existir, Vd. encontrará entre mis papeles, pues en mi última disposición hay una cláusula expresa le sean entregados, documentos originales y sumamente interesantes. Ellos, y los apuntes que Vd. hallará ordenados, manifiestan mi conducta pública y las razones de mi retirada del Perú (… ) y motivos sobre que se ha fundado mi conducta en el tiempo que he tenido la desgracia de ser hombre público; sí, amigo, la desgracia, porque estoy convencido de que serás lo que hay que ser, si no eres nada".
Lamentablemente, dichos documentos jamás llegaron a Guido y se desconoce qué sucedió con ellos tras la muerte del prócer máximo.
