La ingeniería genética permite modificar la constitución genética de un organismo mediante la incorporación de uno o más genes. En el caso de plantas comestibles, esta herramienta se suele utilizar para modificar algún carácter de interés agronómico o nutricional. Estos mismos objetivos han perseguido los mejoradores de cultivos durante milenios, siguiendo estrategias tradicionales de selección y cruzamiento. Dicho proceso suele ser largo (el desarrollo de una nueva variedad puede llevar décadas, dependiendo de la especie y el carácter a mejorar), costoso, y está condicionado a la disponibilidad de variantes genéticas ya existentes dentro de la misma especie. En este contexto, la ingeniería genética representa una herramienta valiosa y complementaria al mejoramiento tradicional, ya que permite: 1) saltear las barreras reproductivas que condicionan el mejoramiento clásico (posibilita incorporar genes de especies que normalmente no se cruzarían); 2) crear nuevas variantes genéticas que antes no existían (por ejemplo, la incorporación de genes que producen provitamina A en arroz); 3) eficientizar, acelerar y abaratar los programas de mejoramiento. Esta tecnología no es, en sí misma, buena o mala. Depende de cómo se utilice y con qué fin. Cada caso de alimento transgénico y su implementación en el sector socio-agrícola-productivo debe analizarse por sí mismo.
Varios alimentos transgénicos han sido desarrollados con diversos fines. Entre estos, se incluyen: aumentar el valor nutricional y la conservación poscosecha de frutas y hortalizas; incorporar resistencias a plagas y enfermedades con el fin de minimizar el uso de agrotóxicos en los cultivos y -consecuentemente- reducir los residuos de plaguicidas en los alimentos; aumentar la productividad; incorporar tolerancia a sequía y salinidad con el fin de expandir los límites de la agricultura hacia regiones donde, debido a sus condiciones extremas, es impracticable dicha actividad.
Algunos casos -de una lista más extensa- de alimentos transgénicos con propiedades mejoradas incluyen los 'tomates larga vida', que permiten su conservación por largos períodos; tomates morados que producen grandes cantidades de antocianos (pigmentos con propiedades antioxidantes, antiinflamatorias y anticancerígenas); el "arroz dorado" que contiene betacaroteno (o provitamina A), compuesto importante para paliar la deficiencia de vitamina A que sufren millones de personas en algunos países asiáticos y africanos donde el arroz es la principal fuente de alimento. Por otro lado, los maíces y papas "Bt" producen una proteína que es tóxica para plagas importantes de estos cultivos pero inocua para los humanos, permitiendo reducir considerablemente el uso de agrotóxicos en estos cultivos. Además, se han desarrollado alimentos transgénicos llamados "vacunas orales" que, al consumirlos, confieren inmunización contra algunas enfermedades. Es el caso de las papas transgénicas que confieren inmunidad contra el cólera. Esto evita los problemas de perdida de la cadena de frío asociados a la vacunación, aspecto importante en los países del tercer mundo. En conclusión, la ingeniería genética -usada en forma racional- es una herramienta valiosa y efectiva que puede usarse para mejorar el valor nutricional de los alimentos, reducir el impacto ambiental de la agricultura, aumentar los rendimientos y producir alimentos en regiones con condiciones agroclimáticas extremas.